Основными источниками загрязнения реки остаются сбросы из Сунгари и крупных городов Хабаровского края
Поверхностные воды рек Хабаровского края за последние три года имеют тенденцию к некоторому очищению. Об этом свидетельствует комплексная оценка загрязненности воды в Амуре. Такую оценку, как сообщает корреспондент РИА «Восток-Медиа», дал руководитель Дальневосточного межрегионального управления по гидрометеорологии и мониторингу окружающей среды Александр Гаврилов, выступая на расширенном заседании правительства края. Александр Гаврилов отметил, что, в целом, оставаясь в классе «грязная вода» в 2007-2008 годах отмечается понижение комплексного показателя загрязненности на 5-10 процентов, а у городов Комсомольск-на-Амуре и Амурск в 2007 году впервые за последние годы вода из разряда «очень грязная» перешла в разряд «грязная». Этот район остается наиболее проблемным на Амуре. На целый класс снизился уровень загрязненности на реке Хор.
По мнению Александра Гаврилова, в основе этого лежат две главные причины. Во-первых, это мероприятия, проводимые китайской стороной по оздоровлению бассейна реки Сунгари. Об этом свидетельствую анализы воды левого и правого берегов Амура в месте впадения Сунгари по загрязняющим элементам уменьшились с 10 раз до 2-3 раз. Второй фактор: в условиях сокращения промышленных сбросов работает процесс самоочищения реки. Этому способствовали и предпринимаемые в крае меры. Второй год в дополнение к гидрохимическим показателям качества воды анализируется ее микробиологическое загрязнение. Организована разработка ежемесячных программ отбора проб воды, а также рыбы и их анализа.
По инициативе министерства природных ресурсов края в несколько раз увеличено число определяемых показателей загрязнения на предприятиях водоканала. Активно начал работать краевой лабораторный совет, определяющий методическую базу исследований и занимающийся сравнительным анализом. По словам руководителя Дальгидромета, основные загрязнители можно разбить на две группы: соединения марганца, железа и тяжелых металлов – медь, цинк, свинец, и соединение азота, органических веществ, фенола и нефтепродуктов. В створе Амура ниже Хабаровска отмечается повышение величин загрязнения соединениями азота и органических веществ относительно створа выше Хабаровска. Это наглядно видно в контрольном створе в 14 километрах ниже Хабаровска. У правого берега, где расположен город, этих веществ на 30 процентов больше, чем у левого. Похожая ситуация у города Комсомольска-на-Амуре.